Program pemberdayaan LAZIS Muhammadiyah disusun berdasarkan analisa kebutuhan sasaran. Ada tiga bidang yang menjadi sasaran utama pendayagunaan yakni Pemberdayaan Ekonomi Masyarakat (PEM), Pengembangan Sumber Daya Insani (PSDI) dan Pelayanan Sosial Masyarakat (PSM). Program - program ini dilaksanakan berdasarkan  asas partisipatif dengan tetap berpegang teguh pada prinsip syariah.

Agar program pemberdayaan dapat berjalan sesuai dengan yang diharapkan dan mampu memberi nilai tambah bagi pembangunan manusia, LAZIS Muhammadiyah menyusun seluruh program dalam Rencana Strategis (RENSTRA) yang terdiri atas perencanaan, pelaksanaan, monitoring dan evaluasi.

Hingga saat ini, program pendayagunaan/pemberdayaan LAZIS Muhammadiyah telah mampu menjangkau seluruh  wilayah Indonesia dengan mengambil titik utama pemberdayaan di kawasan pedesaan (dan tentunya) dengan tidak meninggalkan pemberdayaan di perkotaan. Pemberdayaan LAZIS Muhammadiyah telah merambah seluruh lapisan usia dan gender.

Bagi LAZIS Muhammadiyah, pemberdayaan harus mampu merambah seluruh lapisan masyarakat. Tua berdaya - muda berdaya, laki-laki berdaya - perempuan berdaya dan desa berdaya - kotapun berjaya. Bagi LAZIS Muhammadiyah, pemberdayaan sejati adalah pemberdayaan yang mampu mengangkat harkat dan martabat manusia menjadi MANUSIA SEJATI !.